Fue testigo de la explosión de 1947

En 1943 ante la necesidad de potenciar la hidrografía, el servicio hidrográfico se independiza del Observatorio de Marina y nace así el Instituto Hidrográfico de la Marina, por Ley de 30 de Diciembre, con sede en Cádiz y como organismo dependiente del Estado Mayor de la Armada, para dar impulso a la cartografía y conseguir una más amplia acción en las funciones relativas a la hidrografía y la navegación. 

Su primer director fue el Contralmirante Fernando Balén García y todo el personal y material que hasta la fecha había estado en el Observatorio de Marina de San Fernando, se trasladó paulatinamente al recién creado centro.
Las instalaciones del Instituto fueron destruidas por la explosión -Agosto de 1947- de un depósito de minas situado en la base de defensas Submarinas, en las inmediaciones del mismo. 

La reconstrucción duró hasta 1955, año en que se trasladaron al nuevo edificio las dependencias que hasta entonces habían estado dispersas en casas particulares y barracones. 

En 1970, por Decreto número 3.853 de 31 de diciembre, el Instituto Hidrográfico de la Marina pasa a ser un Organismo de la Armada, dependiente directamente del Almirante Jefe del Estado Mayor.

Posteriormente, la Ley 7/1986 de ordenación de la Cartografía dictamina que será competencia de la Administración del Estado, a través del Instituto Hidrográfico de la Marina la formación y conservación de la Cartografía Náutica. Así se equipara al Instituto Hidrográfico con el Instituto Geográfico Nacional.